जौहर विश्वविद्यालय को लेकर आजम खान की पहले से ही मुश्किलें कम नहीं है। उधर ईडी ने भी उनके खिलाफ केस दर्ज कर रखा है। क्योंकि जौहर विश्वविद्यालय के लिए जो उन्होंने विदेशों से चंदा लिया हुआ था उसकी जानकारी उन्होंने किसी भी सरकारी एजेंसी को नहीं दी है। वहीं उन्होंने विश्वविद्यालय के लिए खरीद जमीन के लिए किए लेन देन की जानकारी भी नहीं दी है।