इमाम पर अलीगढ़ मुस्लिम यूनिवर्सिटी में देश के खिलाफ भड़काऊ बयान देने के सबूत पुलिस के पास हैं और इसके बाद से ही पुलिस ने अलीगढ़ में उसके खिलाफ मुकदमा दर्ज किया। वहीं असम में भी उसके खिलाफ देशद्रोह का मामला दर्ज है। इमाम ने देश के अभिन्न हिस्से असम को तोड़ने का भाषण दिया था।
